根据发病季节、病史、临床表现和大便性状易于做出临床诊断。必须判定有无脱水（性质和程度）、电解质紊乱和酸碱失衡；注意寻找病因，肠道内感染的病原学诊断比较困难，从临床诊断和治疗需要考虑，可先根据大便常规有无白细胞将腹泻分为两组：

1.大便无或偶见少量白细胞者

为侵袭性以外的病因（如病毒、非侵袭性细菌、寄生虫等肠道内外感染或喂养不当）引起的腹泻，多为水泻，有时伴脱水症状，应与下列疾病鉴别：

（1）生理性腹泻  多见于6个月以内婴儿，多为母乳喂养，外观虚胖，常有湿疹，生后不久出现腹泻，除大便次数增多外，无其他症状，食欲好，不影响发育。

（2）导致小肠消化吸收功能障碍的各种疾病  如乳糖酶缺乏，葡萄糖-半乳糖吸收不良，失氯性腹泻，原发性胆酸吸收不良，过敏性腹泻等。

2.大便有较多的白细胞者

表明结肠和回肠末端有侵袭性炎症病变，常由各种侵袭性细菌感染所致（细菌性痢疾、伤寒沙门菌肠炎、侵袭性大肠杆菌肠炎等）。仅凭临床表现难以区别，必要时进行大便细菌培养，细菌血清型和毒性检测。还需与坏死性小肠结肠炎鉴别。该病中毒症状较重，腹痛、腹胀、频繁呕吐、高热、逐渐出现血便，常伴休克，腹部立、卧位X线摄片呈小肠局限性充气扩张，肠间隙增宽，肠壁积气等。若抗生素治疗无效，腹泻时间较长者，尚需与Crohn病、溃疡性结肠炎、肠息肉合并感染鉴别。